கட்டற்ற மென்பொருளும் அறிவியலும் – பகுதி 5

Jmol – முப்பரிமாண வேதியியல் மூலக்கூறுகளை காண உதவும் கட்டற்ற மென்பொருள்

அறிமுகம்

J mol (Java molecular) ஒரு வேதியியல் மூலக்கூறுகளை முப்பரிமாணத்தில் காண உதவும் கட்டற்ற மென்பொருள். இது ஜாவா நிரலாக்க மொழியில் எழுதப்பட்டுள்ளது. எனவே இதனை அனைத்து இயங்குதளங்களிலும், Applet ஆக ஜாவா உதவியுடன் அனைத்து இணைய உலாவிகளிலும் (Browsers) பயன்படுத்தலாம். மேலும் Jmol viewer – development toolkit ஐ பயன்படுத்தி மற்றி ஜாவா மென்பொருளுடன் இணைத்துக்கொள்ளலாம். இம்மென்பொருளின் பல்வேறு சிறப்பம்பசங்களால் ஏறக்குறைய அனைவராலும், பல்வேறு துறைகளில் (Bioinformatics, Cheminformatics, Chemistry, Biochemistry, Biotechnology) பயன்படுத்தப்படுகிறது.

முப்பரிமாண வேதியியல் மூலக்கூறுகளின் தேவை :

ஒரு வேதியியல் மூலக்கூறின் தன்மை அதன் அமைப்பினை பொறுத்தே வேறுபடுகிறது. எனவே, ஒரு வேதியியல் மூலக்கூறின் முழுமையான அமைப்பினை அதாவது முப்பரிமாணத்தில் காண்பதன் மூலம் அதன் பண்பினை வரையறுக்க இயலும். இதற்கு பயன்படும் மென்பொருள்கள் பல்வேறு துறைகளில் முக்கியப் பங்கினை வகிக்கின்றன. உதாரணத்திற்கு, புதிதாக உருவாக்கப்படும் மருந்துகளின் வேதியியல் அமைப்பை ஆராய்வதற்கும், எப்படி அது உயிர்மூலக்கூறுகளுடன் இணைந்து வினை புரிகிறது என்பதை அறிவதற்கும் பயன்படுத்தப்படுகிறது. இவை தவிர மாணவர்களுக்கும் வேதியியல் தொடர்பான பாடங்களை இம்மென்பொருளின் மூலம் எளிதாக விளக்கலாம். கணினி இல்லாத காலங்களில் இது போன்று முப்பரிமாண வேதியியல் மூலக்கூறு அமைப்புகளை பந்து மற்றும் குச்சிகளைக் (Balls and Sticks) கொண்டு கைகளால் உருவாக்கி வந்தனர். ஆனால் அம்முறையில் மிக சிக்கலான வேதியியல் மூலக்கூறுகளை கட்டமைப்பது கடினமானதும் இயலாததும் ஆகும்.

jmol

Jmol மூலம் DNA வின் அமைப்பு

நிறுவுதல்

அனைத்து லினக்ஸ் வழங்கல்களிலும் Jmol மென்பொருளை , மென்பொருள் மையத்தில் மூலமோ (Software centre) அல்லது முனையத்தில் கட்டளை மூலமோ நிறுவலாம். உபுண்டு லினக்ஸில்
apt-get install jmol

கட்டளை மூலம் நிறுவலாம்.

சிறப்பம்சங்கள் :

  • அனைத்து இயங்குதளங்களிலும் இயங்கக்கூடியது.
  • முப்பரிமாண அமைப்பினை சிறந்த முறையில் எந்தவொரு வன்பொருள் தேவையுமின்றி (hardware acceleration) காணலாம்.
  • பலவிதமான கோப்பு அமைப்புகளை ஆதரவு தரும். (mol, CIF, mmCIF, CML, PDB, XYZ, மேலும் பல).
  • மூலக்கூறு மற்றும் புரோட்டீன் அமைப்புகளை நேரடியாக பதிவிறக்கம் செய்யும் வசதி.
  • Jmol மென்பொருள் போன்று , pymol, rasmol, avogadro மென்பொருள்களும் கட்டற்ற மென்பொருளாகக் கிடைக்கின்றன. அவற்றையும் பயன்படுத்தலாம்.

    தொடரின் பதிவுகளுக்கு: கட்டற்ற மென்பொருளும் அறிவியலும்

    Leave a Reply

    %d bloggers like this: